Zieleń miejska zajmuje 560 ha (6,5% powierzchni miasta). Urządzona jest w postaci licznych parków (m.in. Park Kusocińskiego, Park Zamkowy), zieleńców, skwerów oraz trzech ponad stuletnich cmentarzy.

Na terenie Olsztyna znajdują się dwa rezerwaty przyrody roślinności torfowej:

Mszar – powierzchnia: 4 ha, ustanowiony w 1953 roku
Redykajny – powierzchnia: 10 ha, ustanowiony w 1949 roku

W przeszłości na terenie miasta znajdował się również rezerwat przyrody poryblinu jeziornego, ustanowiony w 1957, obejmujący swym zasięgiem obszar jez. Tyrsko (Gutkowskiego) – rezerwat przyrody Jezioro Gutkowskie. Został on jednak zlikwidowany, a przy brzegu jeziora wzniesiono hotel.